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Bundesliga-Reform und neue Heimat
Thorsten Fink wurde am 25. Februar 2018 nach einer 1:2-Niederlage gegen die Admira auf dem siebten Tabellenplatz liegend von seinen Aufgaben entbunden, zwei Tage später übernahm Thomas Letsch das Traineramt. Der Deutsche führte die Veilchen damit auch in die erste Saison in der ausgebauten und renovierten Generali-Arena, die im Sommer 2018 nach zwei Jahren Umbau wiedereröffnet wurde. Das offizielle Eröffnungsspiel gegen Borussia Dortmund wurde knapp 0:1 verloren, das erste Pflichtspiel konnte gegen Aufsteiger Wacker Innsbruck mit 2:1 gewonnen werden.
Der erste große Wiener Derby in der neuen Generali-Arena sowie das insgesamt 328. Aufeinandertreffen mit dem Stadtrivalen gewann Austria Wien am 16. Dezember 2018 furios mit 6:1 und fuhr damit den höchsten Derbysieg in der Geschichte österreichischen Bundesliga ein. Die Saison 2018/19 war zudem die erste nach der Bundesliga-Reform, die nun erstmals seit 1993 wieder zwölf Vereine in der höchsten Spielklasse vorsah. Die zweite Leistungsstufe wurde auf 16 Teams aufgestockt, wodurch auch die Austria Amateure, neu in Young Violets umbenannt, wieder in eben jener spielberechtigt waren und seither in der 2. Liga spielen.
Die neue Reform sah außerdem eine Teilung der Tabelle nach 22 Runden in Meister- und Qualifikationsgruppe vor, wobei die Punkte nach der Teilung halbiert werden. Austria Wien gelang als Fünfter der Einzug in die Meistergruppe und beendete diese unter der Leitung von Interimstrainer Robert Ibertsberger auf dem vierten Rang. Letsch war zuvor März 2019 wie sein Vorgänger von seinen Aufgaben entbunden worden, Co-Trainer Ibertsberger übernahm.
Doppelte Rückkehr von Peter Stöger
Im Sommer 2019 kehrte mit Peter Stöger der letzte Meistertrainer der Veilchen zum Verein zurück. Der ehemalige Trainer des 1. FC Köln und von Borussia Dortmund wurde neuer Sportvorstand bei Austria Wien. Als neuer Trainer wurde Christian Ilzer, der in den Jahren davor große Erfolge mit dem TSV Hartberg und dem Wolfsberger AC feierte, präsentiert.
In der Qualifikation zur UEFA Europa League scheiterten die Violetten in der dritten Qualifikationsrunde. Auch die Meisterschaft lief nicht nach Wunsch, die Meistergruppe wurde mit dem siebten Platz im Grunddurchgang verpasst, die Austria musste demnach in die Qualifikationsrunde. Diese musste jedoch aufgrund der COVID-19-Pandemie verschoben werden und konnte nicht wie geplant im März, sondern erst im Juni 2020 starten. Die Veilchen sicherten sich in vielen englischen Wochen und aufgrund der Maßnahmen zur Eindämmung der Pandemie ohne Zuschauer den ersten Platz und traten im ligainternen Europa-League-Playoff um den letzten internationalen Startplatz an, mussten sich dem TSV Hartberg allerdings geschlagen geben.
Nachdem Christian Ilzer im Juli 2020 seinen Wechsel zum SK Sturm Graz bekanntgab, kam es bei Austria Wien zu einer erneuten Rückkehr auf dem Trainerstuhl. Am 31. Juli 2020 übernahm Peter Stöger als General Manager Sport nach englischem Modell den Posten des sportlichen Leiters sowie des Cheftrainers der ersten Mannschaft. Nach 2005 und 2012/13 war Stöger damit zum dritten Mal Austria-Trainer.
Nach wie vor beeinflusste die Pandemie den Spielbetrieb, Zuschauer waren kaum bis gar nicht erlaubt, Spieler fielen immer wieder aus, Planungen konnten kaum seriös durchgeführt werden. So wiederholte sich die Geschichte 2020/21, wieder wurde die Meistergruppe verpasst, diesmal gab es in der Qualifikationsgruppe allerdings ein Happy End. Nach souveränen Siegen gegen den TSV Hartberg sowie den Wolfsberger AC sicherte sich Austria Wien das Europacup-Ticket und trat 2021/22 in der Qualifikation der neu geschaffenen UEFA Europa Conference League an.