Nachdem Karl Daxbacher im Dezember 2011 beurlaubt wurde, übernahm Ivica Vastic bis zum Ende der Saison das Traineramt, Im Sommer 2012 kehrte Peter Stöger zum zweiten Mal als Trainer zur Austria zurück und vollbrachte beinahe Unglaubliches. Trotz des im Vorjahr heftig kritisierten Kaders wurde Austria Wien 2012/13 mit einem neuen Punkterekord von 82 Zählern zum 21. Mal österreichischer Meister. Der Neuanfang nach Stronach war somit auch sportlich endgültig gelungen.
Nachdem das Erfolgsduo Peter Stöger/Manfred Schmid mit Ende der Saison dem Lockruf des 1. FC Köln nach Deutschland folgte, bestellte die Austria mit Nenad Bjelica einen Nachfolger, der sich zuvor beim Wolfsberger AC einen sehr guten Ruf erarbeitet hatte. Im Sommer 2013 wurde eine der größten internationalen Leistungen der Vereinsgeschichte geschafft: Nach Siegen über FH Hafnarfjordur und Dinamo Zagreb erreichte Austria Wien erstmals die Gruppenphase der UEFA Champions League. Dort zeigten die Violetten gute Leistungen und holten in einer Gruppe mit dem FC Porto, dem späteren Finalisten Atletico Madrid und Zenit St. Petersburg fünf Punkte. Der dritte Platz und der damit verbundene Umstieg in die K.O.-Phase der UEFA Europa League wurde nur denkbar knapp verpasst.
In der heimischen Meisterschaft waren die Veilchen in derselben Herbstsaison jedoch weniger erfolgreich. Im Februar 2014 lagen die Veilchen mit 31 Punkten aus 23 Spielen nur auf dem fünften Platz, weshalb Bjelica seinen Hut nehmen musste. Noch am selben Tag trat Herbert Gager, der Trainer der ehemaligen Austria Amateure, in die Fußstapfen von Bjelica. Trotz dieses Wechsels erreichte die Austria in der Endabrechnung der Saison 2013/2014 nur den vierten Platz und verpasste den Europacup.
Im Mai 2014 wurde Gerald Baumgartner neuer Chefcoach der Violetten, sein Engagement blieb jedoch erfolglos. Nur zehn Monate später übernahm Andreas Ogris den Posten. Die violette Legende führte seine Austria bis ins Cup-Finale und dort in die Verlängerung, zum Titel reichte es aber knapp nicht. In der Folge wurde Thorsten Fink als neuer Chefcoach bestellt, der die Austria 2016 nach zwei Jahren ohne Europacup wieder auf die europäische Bühne hievte.
Nach überstandener UEFA-Europa-League-Qualifikation, in welcher unter anderem Spartak Trnava und Rosenborg Trondheim ausgeschaltet wurden, kamen die Veilchen in eine Gruppe mit dem rumänischen Meister Astra Giurgiu, dem tschechischen Meister Viktoria Pilsen und dem italienischen Spitzenklub AS Roma. Trotz tollem Start, insgesamt elf erzielten Toren und des 3:3-Remis in Rom – nach 1:3-Rückstand – schied Austria Wien in der Gruppenphase aus.
Die Bundesliga beendeten die Veilchen im Jahr 2017 auf dem zweiten Platz hinter Meister Salzburg. Wieder gelang die Qualifikation für die Gruppenphase der UEFA Europa League, wo der kroatische Double-Gewinner HNK Rijeka, der griechische Verein AEK Athen sowie mit dem AC Milan erneut ein italienischer Topklub auf Austria Wien warteten. Wie im Jahr davor war aber auch 2017/18 bereits nach der Gruppenphase Schluss, blieb nur der vierte Platz.